Au fur et à mesure que les personnages gagnent des niveaux, ils bénéficient d'une augmentation passive des statistiques qui aident ce personnage particulier et gagnent des points de puissance, permettant au joueur de définir davantage les capacités de ce personnage. Chaque personnage a trois arbres de compétences sur lesquels il peut dépenser des points. Chacun des arbres se concentre généralement sur un mécanisme ou un style de jeu particulier, comme les boucliers d'Iron Man, les flèches astucieuses de Hawkeye ou les armes à feu de Deadpool. Au fur et à mesure que le personnage gagne des niveaux, le joueur a accès à plus de compétences sur lesquelles dépenser des points et peut mettre plus de points dans les compétences existantes. Chaque compétence a un niveau maximum, donc plus de points ne peuvent pas être mis dans une compétence jusqu'à ce qu'un certain niveau soit atteint.
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